{% from "/macros/data_analysis/qc_metrics/qc_metrics.html" import qc_metrics %} {% macro nallo_qc_metrics(samples) %} {% set metrics = [ {"name": "Kön", "key": "sex", "description": "Kön beräknat genom bioinformatisk analys."}, {"name": "Mappade HiFi baser [Gb]", "key": "coverage_bases", "description": "Antal miljarder baser som mappar mot referens genomet."}, {"name": "Medelsekvenslängd", "key": "avg_sequence_length", "description": "Medelvärdet av längden av sekvenseringsläsningar."}, {"name": "Mediantäckning [baser]", "key": "median_coverage", "description": "Median av täckningen över alla baser inkluderade i analysen."}, {"name": "Medelsekvensdjup", "key": "mean_target_coverage", "description": "Medelvärdet av täckningsgraden i baser över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys."}, {"name": "Täckningsgrad 10x [%]", "key": "pct_10x", "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (10x) över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys."}, ] %} {{ qc_metrics(samples=samples, metrics=metrics) }} {% endmacro %}